学校前身为中央大学(创建于1902年)森林系和金陵大学(创建于1910年)森林系，1952年合并组建的南京林学院，是当时全国仅有的三所高等林业院校之一。1955年华中农学院林学系(武汉大学、南昌大学和湖北农学院森林系合并组成)并入，1972年更名为南京林产工业学院，1983年恢复南京林学院名称，1985年更名为南京林业大学。
南京林业大学在南京的认可度是很高的。学校学术实力雄厚，学科门类齐全，办学特色鲜明。现有8个博士后流动站、8个博士学位授权一级学科、26个硕士学位授权一级学科和19个硕士专业学位授权类别。
学校现有工程学、植物与动物科学、农业科学、材料科学、化学、环境与生态和生物与生物化学7个esi全球机构学科排名前1%，林业工程1个国家一流学科，林业工程、生态学2个一级学科国家重点学科，林木遗传育种、林产化学加工工程、木材科学与技术、森林保护学等4个二级学科国家重点学科。